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会社休眠のメリット・デメリットや支払う税金まとめ【株式譲渡との税金の違いも解説】

弁護士 中野和馬

この記事の執筆者 弁護士 中野和馬

東京弁護士会所属。
弁護士は敷居が高く感じられるかもしれませんが、話しやすい弁護士でありたいです。
お客様とのコミュニケーションを大切にし、難しい法律用語も分かりやすくご説明したいと思います。
お客様と弁護士とが密にコミュニケーションをとり協働することにより、より良い解決策を見出すことができると考えております。

PROFILE:https://vs-group.jp/lawyer/profile/nakano/

この記事でわかること

  • 会社休眠のメリット・デメリットがわかる
  • 会社休眠中でもかかる税金がわかる
  • 会社を株式譲渡によって売却する方法がわかる
  • 株式譲渡したときにかかる税金がわかる

様々な事情によって、「会社をしばらく休みたい」「これ以上経営を続けられない」と考える経営者の方もいることと思います。

会社が支払不能や債務超過の状態であれば、基本的に倒産し破産手続きするということになるでしょう。

しかし、そういった状況ではない場合で、会社を消滅させず、廃業の清算手続きにかかる費用も抑えようと考えたときには、会社休眠を選択するという方法があります。

本記事では、会社休眠のメリット・デメリット、会社休眠中にかかる税金について解説します。

また合わせて、会社休眠ではなく株式譲渡による会社売却の方法と、株式譲渡時にかかる税金についても説明します。

休眠会社とは

休眠会社とは、会社の事業活動を一時的に停止させ、会社を「休眠」状態にすることを指します。

休眠会社とした場合、経済環境や経営者を取り巻く環境が変化した場合などに、再び事業を開始させることが可能です。

会社の休眠中は、税務上の義務が一部免除されますので、休眠期間は税金の負担を減らすことができます。

休眠会社は、事業活動が一時停止状態となっているだけですから、廃業とは異なります。

そのため、会社の登記は残り、抹消されることはありません。

廃業した場合は、会社を解散させて清算手続きを行うことになります。

清算手続きの終了により、登記を抹消しますので、会社が消滅するということになります。

ですから、会社を存続させ、いずれ再開させるつもりであるなら、廃業ではなく休眠を選択するべきでしょう。

会社を廃業し清算手続きを行うには、登記にかかる登録免許税など一定の費用がかかりますが、会社を休眠させるために特別な費用は発生しません。

休眠するために、会社が行っている事業の整理はもちろん必要ですが、基本的に所轄の税務署と市町村役場に「異動届出書」を提出するだけの手続きです。

会社休眠をするメリット

諸事情により、会社の事業活動を停止させたいと考える場合、選択できる方法は「休眠」と「廃業」です。

事業の再開の可能性があるならば「休眠」、再開する可能性がない場合は「廃業」を選択するのが一般的です。

ですが、再開の予定が不明確な場合は、どちらを選択するべきか悩むこともあるでしょう。

ここでは、「廃業」と比較した場合の「休眠」のメリットについて説明していきます。

手続きが簡単で費用もかからない

会社を休眠させるために必要な手続きは、所轄の税務署と市町村役場へ「異動届出書」を提出するだけで、費用もかかりません。

一方、会社廃業となると、最終的に会社を消滅させることになりますから、各手続きが必要で費用もかかります。

「廃業」の場合の手続きと費用

廃業の場合、まず株主総会を開催し、解散決議を得なければなりません。

解散決議には、議決権の過半数を有する株主が出席し、出席した株主の議決権の3分の2以上の賛成が必要となります。

この株主総会では、合わせて清算人の選任も行われ、以後この清算人が清算手続きを進めていきます。

また、解散決議を行った株主総会の後、2週間以内に法務局に会社の解散登記・清算人選任登記を行う等、様々な手続きが必要になります。

費用面でも、登記関連で5万円程度、官報公告費用に4万円程度必要となり、決算報告や登記手続きを税理士、司法書士といった専門家に依頼した場合、専門家報酬として30~40万円程度かかってきます。

廃業させる会社の規模等によって費用は多少異なってきますが、合計で50万円程度は必要になります。

再開の手続も簡単

会社を休眠させるときの手続きは簡単と説明しましたが、休眠会社を再開させる手続きも簡単です。

基本的に、休眠会社を再開させるための手続きは、再開した年度分の確定申告を行うだけです。

市町村役場に関しても、休眠させたときと同様に、「異動届出書」を提出するだけですから、とても簡単です。

ですから、会社の事業を再開させる可能性がある場合は、廃業ではなく休眠を選択することを検討しましょう。

社会保険の負担を軽減できる

厚生年金、健康保険といった社会保険料の会社負担は大きいものですが、休眠会社にして国民年金、国民健康保険へ切り替えることで、社会保険料の負担を軽くすることができます。

国民年金、国民健康保険へ切り替えるためには、年金事務所へ「健康保険・厚生年金保険適用事業所全喪届」を提出することが必要です。

会社休眠をするデメリット

会社休眠は、事業を再開させる可能性がある場合、廃業と比較して手続きが簡単で費用もかからないというメリットがあり、社会保険料の負担軽減も可能です。

しかし、あくまでも休眠であって、会社は登記上存続していますから、いくつか注意も必要です。

ここでは、会社を休眠させる際の注意点を、デメリットとして紹介していきます。

休眠中でも納税義務は残る

会社を廃業した場合は、清算手続きを経て最終的に会社が消滅することになりますから、会社の納税義務もなくなります。

しかし、会社休眠の場合、法人登記は残ったまま事業活動を停止させているだけですから、納税義務がなくなることはありません

会社休眠中は、事業活動を行っていませんから、基本的に法人が得た所得に課税される法人税はかかりませんが、不動産等を会社が所有している場合の固定資産税や、所得がゼロでも課税される法人住民税の均等割といった税金が発生します。

法人住民税の均等割については、免除することが可能になる場合もありますが、休眠会社であっても納税義務は残るということを、よく理解しておいてください。

税務申告が必要

基本的に、休眠会社であっても決算期に税務申告する義務は残ります。

しかし、休眠会社は事業活動を行っておらず課税される所得がないために、休眠中に会社不動産の賃貸料が入るといった収入がない場合は、税務申告を行わなくても税務署から指摘される可能性は低いかもしれません。

ただし、休眠中は事業活動から得られる売上収入はゼロですから、経費の計上を行うことはできません。

経費とは、あくまでも売上のために必要になった費用という考え方ですから、経費だけを計上することはできませんので、ご注意ください。

みなし解散に注意

会社を休眠させたまま放置すると、みなし解散として整理されてしまう可能性があります。

みなし解散とは、法務省が行う休眠会社等の整理作業で、最後に登記を行ってから12年経過した株式会社や、5年経過した一般社団法人・一般財団法人は解散したものとみなされ、解散登記を行われることになります。

年度ごとに日程は多少異なりますが、10月頃に法務大臣より「みなし解散」に関する公告が行われ、該当する休眠会社等に通知書が発行されます。

通知を受けた休眠会社は、公告が行われた後2ヵ月以内に事業を廃止していない旨を届け出なければ、「みなし解散」とされます。

なお、みなし解散の整理対象には、特例有限会社は含まれません。

登記変更手続きについて

「みなし解散」に関連しますが、休眠会社であっても登記内容に変更が生じた際には、登記変更手続きが必要です。

最も多いのは任期満了による役員の変更登記ですが、会社の住所を変更した場合なども必要です。

なお、任期満了後も同じ役員が再任される場合でも、任期が変更となっていますから、変更手続きが必要となりますので、ご注意ください。

変更が生じた2週間以内に、法務局にて登記変更手続きを行わなければなりません。

変更手続きの際には、登録免許税も必要になりますので、ご注意ください。

会社休眠中に支払う税金

休眠会社は、事業活動がゼロとなりますから、基本的に事業活動に伴い課税される法人税、消費税などはかかりませんが、休眠中でも支払わなければならない税金があります。

法人住民税の均等割

法人住民税には、所得割均等割があり、通常の場合は2つの合計金額が課税されます。

所得割は、法人の所得に応じて課税されるものですから、休眠中で所得がゼロの場合はかかりません。

ですが、均等割は所在する事業所に対して課税されるもので、所得が赤字の場合でも課税されるものです。

そのため、基本的に休眠会社であっても、均等割は課税されることになります

しかし、休眠会社にすることを自治体に届け出た場合、この均等割の免除を受けることができる場合があります。

一般的には、均等割の免除を受けるためには、税務署だけでなく、都道府県税事務所や市区町村役場に「異動届出書」を提出するという手続きが必要になります。

自治体によって均等割の免除・減額の有無や手続方法は異なりますので、会社が所在する都道府県や市区町村へ確認を行うようにしてください。

固定資産税

休眠している会社が土地・建物といった不動産等を所有している場合、固定資産税が毎年かかってきます。

固定資産税は、不動産の所有者に課税される税金ですから、不動産の名義が会社になっている場合は、休眠中であっても会社に課税されます。

登録免許税

株式会社の場合、定款で延長を行った場合でも取締役の任期が最長で10年となっていますので、休眠中に役員の任期が終了したときは、役員変更登記が必要になり、これに伴い登録免許税が発生します。

変更登記に伴う登録免許税は、株式会社の資本金に応じて変わります。

資本金が1億円以下の場合、1件あたり1万円、資本金が1億円を超える場合は、1件あたり3万円の登録免許税が必要です。

法人税と消費税について

法人税は、ある事業年度において、法人が得た利益(所得)に対して課税されるものです。

休眠中は、事業活動を行っていませんから、基本的に法人税は課税されません。

また、休眠中は課税取引もありませんので、消費税の申告義務も発生しません。

休眠中は、課税対象となる所得が発生しませんから、確定申告をしなくても問題がないとも言えますが、利益がゼロまたは赤字の場合でも、2期連続して期限内に確定申告書を提出しない場合、2期目からの青色申告の承認は取り消されます。

そのため、休眠中に青色申告の承認を取り消されてしまうと、再開時に再申請を行わなければなりません

青色申告の適用は申請の翌期になるので、再適用されるのは最短でも翌々期です。

再適用される期間に生じた欠損金を繰り越すことはできませんので、注意が必要です。

しかし、過去の青色申告承認期間中に発生した欠損金については繰越控除を受けることができます。

例えば、休眠までに累積赤字を計上している場合、事業再開後に白色申告となっても、青色欠損金として累積赤字を損金に算入できる制度を利用することができます。

ただし、青色欠損金として繰り越せる期間は、平成30年4月1日以降に開始する年度で10年となっていますので、事業再開するまでの期間が10年を過ぎた場合は、青色欠損金としては処理できなくなります。

事業を再開させない場合は株式譲渡がおすすめ

諸事情によって会社の事業活動をやめたいと考える場合、事業の再開予定がある場合は「休眠」、事業を再開させる予定がない場合は「廃業」ということになりますが、それとは別に「会社の売却(M&A)」を検討できる場合があります。

M&Aと聞くと大企業だけの話のように思う方もいますが、中小規模の会社であってもM&Aは可能です。

会社の事業を売却する方法としては、「株式譲渡」もしくは「事業譲渡」どちらかを選択することができます。

「株式譲渡」は、会社の経営者やオーナーが保有する株式を相手先に売却して、会社をまるごと譲渡する方法です。

一方「事業譲渡」は、会社全体というわけではなく、会社の事業に関連する資産や従業員等を指定して、その事業を譲渡する代わりに対価を得るという方法です。

事業譲渡となった場合は、該当する事業以外の資産や負債は残りますから、残ったものを清算して廃業する必要があります。

この2つの売却方法は、売り手側、買い手側の会社それぞれの事情によって、メリット・デメリットがあります。

ですから、一概にどちらの方法が良いということは言えませんが、「株式譲渡」の場合は許認可の引継を行うことが可能ですし、売却後の処理も簡単ですから、事業を継続したり再開させたりしない場合はおすすめです。

株式譲渡をするときの注意点

株式譲渡によって会社を売却する場合、売却する相手先やオーナーの事業継続に関する意向などによって、株の売却価額が変わってきます。

株式譲渡における売却益を重視する場合

この場合、オーナーが所有している株式の売却価格がいくらになるかというのが、最も重要なポイントになります。

そのためには、自社の企業価値を高め、買い手側の評価を上げなければなりません。

中小企業で上場していない場合の株価は、税理士等の専門家に算定してもらう必要がありますが、算定された株式の時価は、あくまでも参考です。

実際には、買い手側がいくらなら妥当かという判断に基づき、交渉することになりますので、買い手側にとって魅力ある提示ができるかどうかが鍵となります。

売却益よりも事業継続を重視する場合

中小企業の場合、会社の事業を売るという面よりも、事業の継続、雇用の維持を第一に考えるオーナーもいます。

例えば、オーナーが高齢となり、自身の子どもに事業を引き継ぐことができない場合、事業を引き継いでくれる従業員や同業他社などがいれば、事業の継続こそが大事で、売却価格にこだわらないということもあるでしょう。

そのような場合は、できるだけ高額で株式を売却することよりも、後継者が買い取りやすい価格で売却することが大切になります。

会社の規模にもよりますが、事業承継のために株式譲渡を考える中小企業は多く、雇用や地域経済の維持のためにも、国や地方自治体は事業承継を推進しています。

株式をまとめる必要がある

大企業のように、株式の保有比率が過半数を超えて経営権を行使するという流れは、中小規模の会社の株式譲渡においてはありません。

会社を売却するに当たっては、売り手側の株式を100%譲渡することが一般的です。

まれに、遺産相続等で株式が分散していることがありますが、その場合でも売り手側のオーナーが中心となって売却を促がす必要があります。

株式譲渡を行った後で、株式が分散してしまうことを嫌う企業は多いので、株式譲渡を進める際には、注意が必要です。

株式譲渡時に支払う税金

会社を売却するために、株式譲渡を行った場合に発生する税金について説明しましょう。

そもそも税金は、利益を得た場合に課税されるものです。

ですから、中小企業等の株式譲渡では、オーナー等の個人の株主が株式を譲渡(売却)して得をした金額に対して課税されます。

課税対象となる金額は、株式の売却価額から株を取得したときの金額を引いた売却益になります。

例えば、株式を2,000万円で取得していて、会社の株式譲渡により3,000万円で売却することができた場合は、売却益1,000万円となり、この金額に対して課税されることになります。

株の売却益に対しては、一律で所得税15%、復興特別所得税0.315%、住民税5%に合計20.315%の税金が発生します。

ちなみに、売却価額より取得価額の方が大きく、売却益がない、損失が出たという場合は、税金はかかりません。

参考例のように、株式譲渡によって1,000万円の売却益が出た場合は、下記のような計算になります。

  • ・所得税(復興特別所得税含む)+住民税:売却益1,000万円×合計税率20.315%=2,031,500円

中小企業は、一般的に非上場株式ですから、株価の算定が重要になってきます。

株価に関しては、会社の資産や収益性などを元に時価(現在の価格)を算出しますが、時価の算定は基本的に税理士等の専門家に依頼することになります。

株式譲渡による株の売却価格は、時価の算定が義務付けられているわけではありませんので、売り手側の株主と買い手側の企業が合意すれば、いくらに設定されても問題ありません。

しかし、売却価格が、想定される時価(株の価値)と大きく異なり、低い価格となる場合は、不当に株式譲渡を行ったのではないかと疑われることがあります。

そのような場合、売却益に対する税金以外に、贈与したとみなされて買い手側の企業に贈与税が課税される可能性がありますので、ご注意ください。

まとめ

会社を休眠させることも、事業を再開することも、手続き自体は非常に簡単で費用も特に必要ありません。

会社休眠中は、一切の事業活動を停止していますから、基本的に事業所得に対して課税される法人所得税や消費税は必要ありません。

ですが、会社自体は消滅した訳ではなく、登記上も存続していますので、届出をして免除手続きを行っていない場合は、法人住民税の均等割分は課税されます。

地方自治体によって取扱いが異なりますが、休眠前に届出はしっかりと行いましょう。

また、会社休眠中でも、株式会社の場合、役員の任期終了に伴う役員変更登記は行う必要があります。

定款で特別の定めを行っている場合でも、任期は最長10年となりますので、休眠中の役員変更登記は忘れずに行うようにしましょう。

変更登記の際には、資本金に応じて登録免許税も必要となります。

会社休眠の他に、事業再開を想定しない場合は、会社を売却するという方法をとることもできます。

会社を売却するには、「株式譲渡」「事業譲渡」といった方法がありますが、株式譲渡を選択した場合、その株式の売却益に対して所得税・住民税が発生しますので、ご注意ください。

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