最終更新日：2025/8/13
会社設立時の登録免許税とは？半額にする方法や納付方法について解説
ベンチャーサポート税理士法人 大阪オフィス代表税理士。
近畿税理士会 北支部所属（登録番号：121535）
１９７７年生まれ、奈良県奈良市出身。
起業・会社設立に役立つYouTubeチャンネルを運営。
PROFILE：https://vs-group.jp/tax/startup/profile_writing/#p-mori
YouTube:会社設立サポートチャンネル【税理士 森健太郎】
書籍：プロが教える! 失敗しない起業・会社設立のすべて (COSMIC MOOK) ムック
会社を設立する際には、ある程度の費用がかかります。
そのなかでも大きなウェイトを占めるのが登録免許税です。
この記事では、会社設立時にかかる登録免許税について、算出方法や納付方法、注意点などを詳しく解説します。
高額になりがちな登録免許税を半額にする方法についても紹介するので、ぜひ一度目を通してください。
目次
会社設立にかかる登録免許税とは、登記のために支払う国税の一種
登録免許税とは、会社や不動産の情報を登記する際にかかる国税の一種です。
会社設立では法務局で「法人登記」を行うので、その際に登録免許税が発生します。
登録免許税は会社設立までにかかる費用であるため、創立費としてあとから経費にすることもできます。
それでも、納付時点である程度まとまった金額が必要になるため、あらかじめ金額を把握して準備しておきましょう。
会社設立時にかかる費用に関しては、こちらの記事でも詳しく解説しています。
資本金の増加や支店の移転などで支払う税金も登録免許税と呼ぶ
登録免許税とは、登記や登録（あるいはその変更）を行う際にかかる税金であり、会社設立にかかる税金だけの呼び名ではありません。
代表者の住所や社名の変更、本店の移転など、登記内容を変更する際にもそれぞれ登録免許税が発生し、支払う金額も変わります。
今回の記事では、主に「会社設立時に登記申請書類を提出する際にかかる登録免許税」について解説します。
そのほかの登録免許税と混同しないよう、注意してください。
一般的には登記申請のときに納付する
会社設立における登録免許税に納付期限はなく、いつまでに支払わなくてはいけないという決まりはありません。
しかし当然のことながら、登録免許税が支払われていなければ登記手続きは完了しません。
そのため、一般的には登記申請書類を提出するタイミングで登録免許税も一緒に納付します。
法人登記に関しては以下の記事でも詳しく解説しています。
会社形態ごとの登録免許税の算出方法
登録免許税は、設立する会社の形態によって値段が異なります。
株式会社の場合は15万円、合同会社の場合は６万円です。
合同会社のほうが支払う登録免許税が安いので、設立するうえでのメリットの１つでもあります。
ただし、どちらも資本金の額の0.7％がこの金額を超えていた場合は、その額が納税額となります。
具体的には、株式会社の資本金が約2,142万円、合同会社の資本金が約857万円を超えている場合、支払う登録免許税が高くなってしまいます。
【特定創業支援等事業】で登録免許税を半額にできる
特定創業支援等事業という制度を利用すると、登録免許税を半額にできます。
特定創業支援等事業とは、市区町村と事業者が連携して行う、会社設立に関するセミナーなどを希望者が無料で受けられるという取り組みです。
これを受講し、自治体発行の証明書を受け取ることで、会社設立時の登録免許税の軽減措置を受けられます。
軽減後の税率は、株式会社であれば7.5万円あるいは資本金の0.35％のうち、より大きい額です。
合同会社であれば３万円あるいは資本金の0.35％のうち、より大きい額です。
いずれも本来の半分の税額となるうえ、無料で会社設立に関する知識やスキルを学び、疑問点などを質問することもできるので、可能であれば利用しておくべき制度といえます。
特定創業支援等事業の受け方
特定創業支援等事業は、会社の本店所在地となる予定の地域で開催されるものを受ける必要があります。
特定創業支援等事業は、市区町村ごとに内容や開催時期などが異なります。
また、地域によってはこうした取り組みが行われていないこともあります。
会社の本店所在地の地域が特定創業支援等事業を行っているかは、こちらのサイトで確認してください。
参考：産業競争力強化法に基づく認定を受けた市区町村別の創業支援等事業計画の概要｜中小企業庁
より詳しい内容に関しては、市区町村ごとのWebサイトなどで確認できます。
特定創業支援等事業の注意点
会社設立を考えている事業者にとって便利な特定創業支援等事業ですが、利用する際にはいくつか注意点もあります。
制度の利用には条件がある
特定創業支援等事業には、利用条件があります。
基本的にはこれから新規事業を始める個人、あるいは創業から一定年数（地域によって変動）を経過していない事業者が対象です。
地域によっては「６カ月以内にその地域を営業の本拠地として創業する具体的な計画を有するか」などの条件が付く場合もあるので、市区町村ごとのWebサイトなどであらかじめ確認しておきましょう。
地域によってセミナーの形式や所要時間が違う
受けられるセミナーの種類や日時、定員、開催方法も地域によって大きく異なります。
また、登録免許税を軽減するために必要な証明書の発行に関しても、地域によって条件が異なる場合があります。
東京都の港区と新宿区を例に取ってみると、このような違いがあります。
これらに加え、セミナーごとに定員や開催日時も異なります。
オンラインでの開催についても、ライブ配信に参加する形式や、動画を視聴して受講レポートを提出する形式など、セミナーによってさまざまです。
証明書の交付に時間がかかる
セミナーの受講にはおよそ１～２カ月ほどかかりますが、登録免許税の軽減に必要となる証明書の交付にはさらに時間を要します。
発行までの具体的な時間に関しては市区町村ごとに異なりますが、およそ１週間から１カ月、場合によってはそれ以上待たなければならないこともあります。
特定創業支援等事業を利用するかどうかは、会社設立までの時間的な余裕を含めて判断しましょう。
会社設立時の登録免許税の納付方法と注意点
会社設立時の登録免許税は、収入印紙や現金、ATMなど複数の方法で納付できます。
ただしそれぞれに注意点もあるので、詳しい納付のやり方について解説します。
収入印紙での納付の場合
登録免許税分の収入印紙を購入し、登録免許税納付用台紙に貼り付けて提出します。
法務局の窓口、あるいは郵送でも納付が可能です。
登録免許税納付用台紙は法務局のWebサイトでもテンプレートが用意されていますが、コピー用紙などに収入印紙を貼るだけでも大丈夫です。
収入印紙に消印はしない
収入印紙への消印は法務局側が行うため、提出の際の消印は不要です。
万が一提出時に消印をしてしまうと、その収入印紙は使用できなくなります。
その場合、収入印紙をもう一度買い直さなくてはならないので、絶対に収入印紙に消印はしないでください。
収入印紙は貼り付けに失敗しても郵便局で交換できる
貼るときに歪んでしまった、シワが寄ったという場合も、剥がして貼り直してしまうと、法務局側で受領してくれなくなる可能性があります。
そういった場合は郵便局に持って行き、新しい収入印紙と交換しましょう。
白紙や封筒、あるいは登記申請書などの行政機関への申請・届出のための文書に貼り付けられた収入印紙は、交換の対象となります。
１枚につき５円の交換手数料がかかるほか、汚れたり損傷したりしている収入印紙は交換の対象外となることもあるので注意しましょう。
現金での納付の場合
登録免許税は、現金でも納付が可能です。
そもそも、登録免許税は原則として現金で納付することになっています。
しかし、実際はあまり現金での納付は利用されていません。
理由としては手順が複雑なためでしょう。
現金での納付には、まず登録免許税の納付書を税務署で入手し、必要事項を記入したうえで金融機関の窓口に提出し、登録免許税を支払います。
そして交付された領収書を登録免許税納付用台紙（A4のコピー用紙などで可）に貼り付け、法務局に提出します。
税務署と金融機関、法務局の３カ所におもむく必要があるため、手間と時間がかかってしまう納付方法と言えます。
インターネットバンキング・ATMでの納付の場合
法人登記をオンラインで行った場合は、インターネットバンキングやATMから登録免許税の電子納付が可能です。
ただし、インターネットバンキングを利用して電子納付を行う際には、事前に各金融機関で手続きをしなくてはいけません。
具体的な手続きは金融機関によって異なります。
利用可能な金融機関は「e-Gov電子納付」から確認できます。
また、ATMでの電子納付は、Pay-easyマークのあるATMからしかできません。
納付の際には、「かんたん証明書請求・供託かんたん申請」あるいは申請用総合ソフトから確認できる収納機関番号、納付番号、確認番号なども必要になります。
いずれにしても手続きが複雑になりがちなため、一般の方にはあまりおすすめできない納付方法でもあります。
クレジットカードでの納付の場合
2024年１月より、「特許庁における手続きのデジタル化推進計画」によって、クレジットカードでも登録免許税を納付できるようになりました。
VISAやJCBなど、主要な国際ブランドのクレジットカードが利用できますが、いくつか注意点もあります。
納付額の2.2％の決済手数料がかかる
貸倒れのリスクなどを考慮して、カード会社は登録免許税の納付者に2.2％の決済手数料を上乗せして請求します。
仮に、株式会社の設立のため15万円の登録免許税をクレジットカードで納付する場合、実際の支払いは15万3,300円になります。
クレジットカードのポイントは通常どおり付与されますが、結果的には割高になるケースが多いでしょう。
3Dセキュア登録済みのクレジットカードしか使えない
3Dセキュアとは、不正使用を防止するため、カード利用時に事前に登録した暗証番号を入力する本人認証サービスです。
登録免許税の支払いは、3Dセキュアに登録したクレジットカードでしかできません。
3Dセキュアへの登録方法はカード会社によって違うので、あらかじめ確認しておく必要があります。
インターネット出願ソフトを利用しなくてはいけない
クレジットカードで登録免許税を納付するためには、特許庁が提供する「インターネット出願ソフト」をダウンロードしなければいけません。
インターネット出願ソフトはWindowsのみに対応しています。また、利用するためには電子証明書や申請人利用登録、識別番号などが必要になります。
具体的な導入方法については以下のサイトを確認してください。
会社設立時の登録免許税を納付するときのよくある質問
登録免許税の納付でよくある質問について解説します。
印紙がいろいろあるが、どこでどれを買えばいいのかわからない
印紙には登録印紙や特許印紙、健康保険印紙など、さまざまな種類があります。
登録免許税の納付に使えるのは「収入印紙」のみです。
収入印紙は郵便局や法務局で購入できます。
コンビニでも一部の店舗で収入印紙を販売していますが、基本的に200円の収入印紙しか取り扱っていないので、登録免許税の納付には不向きです。
市役所などで、収入印紙ではなく「収入証紙」を販売していることもありますが、これは登録免許税の納付には使えないので注意しましょう。
ハンコの押印は必要なのか
収入印紙への押印は「消印」扱いとなり、法務局に納付できなくなってしまうので、絶対に行わないでください。
ただし、登録免許税納付用台紙が２枚以上になった場合は、それぞれにまたがるように押印する「契印」を行います。
その際も、収入印紙に押印しないよう注意してください。
登録免許税はいつ、どこに払えばいいのか
会社設立時の登録免許税は、とくに納付期限などは設けられていません。
しかし登記申請を円滑に終わらせるため、基本的には登記申請書を法務局に提出するタイミングで納付します。
納付先は法務局であり、税務署への納付ではない点に注意しましょう。
まとめ
登録免許税は登記登録や変更の際に必要になる税金です。
会社設立の際には、株式会社ではおよそ15万円、合同会社ではおよそ６万円の登録免許税がかかります。
特定創業支援等事業のセミナーを受けることで、登録免許税を半額にできます。
ただし、セミナーを受けてから証明書を発行するまでに数カ月かかるので、注意してください。
登録免許税は収入印紙や現金などで納付できるので、それぞれの手順を把握し、自分に合った納付方法を選択しましょう。
会社設立時の登録免許税で迷ったら税理士や司法書士に相談しよう
登録免許税は会社設立にかかる法定費用のなかでも、大きなウェイトを占めています。
特定創業支援等事業を受ければ半額にできますが、そのためにはある程度の時間的な余裕が必要です。利用するかどうかについてはしっかりと検討しなくてはいけません。
納付方法に関しても手順が煩雑になりがちで、初めて納付するときは「これでちゃんと納付できているのか？」と不安になる人も多いです。
会社設立時の登録免許税の納付に関して疑問や不安がある場合は、会社設立を専門とする税理士や司法書士に相談してみましょう。
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