最終更新日：2025/9/5

会社の変更登記の費用は？法人登記の登録免許税の額や司法書士の手数料を解説

この記事の執筆者 税理士 森健太郎

ベンチャーサポート税理士法人 大阪オフィス代表税理士。
近畿税理士会 北支部所属（登録番号：121535）
１９７７年生まれ、奈良県奈良市出身。
起業・会社設立に役立つYouTubeチャンネルを運営。

PROFILE：https://vs-group.jp/tax/startup/profile_writing/#p-mori
YouTube:会社設立サポートチャンネル【税理士 森健太郎】
書籍：プロが教える! 失敗しない起業・会社設立のすべて (COSMIC MOOK) ムック

会社を運営していくなかでは、設立時に定めた登記内容を変更しなければならないときもあります。

そうした場合は変更登記を行うのですが、その変更登記にかかる費用にはどのようなものがあり、どれくらいの金額が必要になるのでしょうか？

この記事では、会社の変更登記の費用について、どのような種類がありどれくらいの金額がかかるのかなどを解説します。
また、登記変更にかかる費用を抑えるためのコツについても解説するので、これから会社を設立する人はもちろん、すでに会社を運営中の人もぜひご活用ください。

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法人登記の変更登記にかかる主な費用とは

法人登記の変更登記には、法務局に納付する「登録免許税」と、司法書士などに登記を代行してもらう際の「手数料」が主な費用として必要です。

これらを合算すると、変更登記１件あたりの費用はおおむね５万円以上、内容が複雑な場合は10万円を超えるケースも少なくありません。

登記変更に関しては、以下の記事で詳しく解説しています。

登録免許税

登記を行う、あるいは変更する際には、登録免許税という税金を法務局に納付します。
金額は変更登記の事項（内容）によって異なります。

株式会社や合同会社で発生する、主な変更登記の事項と税額は以下の表を確認してください。

登録免許税は、登記変更を法務局の窓口や郵送で申請する場合、収入印紙で納付します。

オンライン申請を利用する場合、インターネットバンキングあるいは手数料の電子納付に対応しているATMから納付します。
また、2024年１月から、3Dセキュアの付いたクレジットカードからも登録免許税の納付ができるようになりました。

参考：【令和6年1月より運用開始】登録免許税のクレジットカード納付について｜特許庁

司法書士への手数料

登記変更の手続きを司法書士に代行してもらった場合、手数料が発生します。

値段は司法書士によって異なりますが、役員変更や商号変更、本店移転などは３万～４万円が相場になります。

司法書士に依頼をすると、見積もりとして高額な費用を提示されることもあります。
多くの場合で、それは「登録免許税」を含んだトータルの費用です。

司法書士に登記変更を依頼する際の費用の内訳は、登録免許税と手数料を分けて確認しましょう。

登記変更費用を安くする方法

登記変更には、登録免許税として１件あたり平均３万円ほどの費用がかかります。
こうした費用を安くするためのコツについて解説します。

同じ分類の登記事項をまとめて申請する

法人登記を変更する際の登録免許税は、原則として軽減されません。
しかし、実務上で税負担を抑える余地がいくつかあります。

法人の変更登記は、同一の「登記の事項」の分類をまとめて申請すれば登録免許税を抑えられます。

登録免許税法別表第一（第24号）では、登記の事項の分類ごとに税額が定められています。

該当する変更が同一事項に属し、課税標準が「申請件数」の場合は、一度に申請することで登録免許税を１件分にまとめられます。

たとえば、（一）のツは「登記事項の変更、消滅又は廃止の登記（これらの登記のうちイからソまでに掲げるものを除く。）」となっています。
この分類に含まれる登記事項の主だったものは、以下のとおりです。

これらの登記変更は、バラバラに申請した場合はそれぞれに３万円がかかります。
しかしまとめて申請すれば、これら複数の変更を３万円で処理できます。

同じように「取締役会の設置・廃止と監査役会の設置・廃止」や「役員や代表者の就任・退任・重任と氏名・住所の変更」も、複数の変更がある場合はまとめて申請することで、登記変更にかかる費用を大きく減らせます。

ただし登記変更は、登記事項に変更があった日から原則２週間以内に申請しなければなりません。

登録免許税を節約しようとするあまり、申請を２週間以上遅らせないようにしましょう。

参考：登録免許税法 別表第一 課税範囲、課税標準及び税率の表 二十四　会社又は外国会社の商業登記｜e-Gov 法令検索

資本金を増資する際に半分を「資本準備金」にする

資本金の増資では「増加した資本金の額」をもとに登録免許税が決まるので、そのうちの半分を資本準備金という扱いにすることで登録免許税を減額できます。

資本準備金とは、出資者が会社に振り込んだ資金のうち、資本金として計上しなかった金額のことを指します。
会社法では、振り込まれた資金の半分までを資本準備金にしていいと定められています。

ただし、この方法を取った場合は登記上の資本金の増額も半分になります。
増資の目的が資金調達なら大きな問題はありません。しかし、取引先や金融機関へ向けた信用力の向上、ブランド価値の強化を狙う場合には、資本金を減らし過ぎないよう慎重に割合を決めてください。

法人登記では「スマート変更登記」は使えない

2026年４月１日から、不動産の所有者が住所や氏名を変更した場合の登記申請が義務化されます。これに合わせ、法務省は「スマート変更登記」というサービスを開始する予定です。

スマート登記変更とは、あらかじめ登録をしておくことで、不動産の住所や所有者の名前に変更があった際に、管轄の法務局が職権で自動的に不動産の登記変更をしてくれるというものです。

個人だけでなく法人も、会社法人等番号の登記をすれば、スマート登記変更を利用できます。
特に登録料などの費用がかからないだけではなく、登録免許税も免除されるため、非常にメリットの大きい制度といえます。

ただし、スマート登記変更はあくまで不動産登記にのみ利用できるサービスであり、今回の記事で解説した法人（商業）登記には適用されません。

したがって、法人の登記事項を変更する際は、従来どおり所定の申請書類を用意し、登録免許税を納付して変更登記を行う必要があります。

参考：スマート登記変更のご利用方法｜法務省

登記変更の費用に関するよくある質問

登記変更の費用について、よくある質問をまとめました。
費用面で不安を感じている人は、まずは以下のQ&Aで概要を押さえてから、自社のケースに照らし合わせて検討してみてください。

変更登記の費用は経費になるのか

法人の場合、登録免許税も司法書士への手数料も「業務遂行上の必要経費」という扱いになるので、経費に算入できます。

一般的に、登録免許税は「租税公課」、司法書士への手数料は「支払手数料」という勘定科目を用います。

ただし、会社設立時に納付する登録免許税や司法書士への手数料は「創立費」となります。

また、登録免許税などの税金は消費税の非課税項目に該当しますので、仕訳入力の際にはご注意ください。

経費区分に迷った場合は、決算書の整合性を保つためにも、税理士などへ早めに確認することをおすすめします。

登記変更は司法書士がいないとできないのか

登記変更は司法書士を介さず、自分だけで行うことも可能です。
会社の代表者や取締役が必要書類をそろえ、法務局へ提出すれば手続き自体は完結します。

しかし、用意した書類にミスがあれば補正を命じられ、期限内に完了できなければ却下されてしまうリスクがあります。

司法書士に依頼すれば、変更する登記内容のリーガルチェックや法務局への対応を行ってくれるため、より確実かつ迅速に登記変更を行いたい場合は、司法書士などに依頼するべきでしょう。

ただし、役員の重任や代表者の住所変更などは比較的シンプルな登記変更で、必要になる添付書類の数も少なめです。
これらの変更であれば、司法書士を介さずに自社内で手続きを行うこともできるでしょう。

初めての本人申請に不安がある場合は、相談だけでも専門家を活用し、コストとリスクを天秤にかけて判断してみてください。

登録免許税をクレジットカードで納付すればポイントが付くのか

カード会社にもよりますが、基本的に登録免許税のクレジットカード納付ではポイントが加算されます。

登録免許税は平均して１件につき３万円ほどかかるので、クレジットカード納付は魅力的な納付方法に見えるかもしれません。

しかしクレジットカード納付では、納税額に2.2％を乗じた決済手数料が、納付者に別途加算されます。
これはカード会社が負う貸倒リスクなどを考慮したものであり、国ではなくカード会社に振り込まれます。

クレジットカードのポイント還元率は平均して0.5～１%程度のため、多くの場合では逆に費用がかさんでしまうでしょう。

登録免許税や司法書士への手数料以外に費用は発生するのか

基本的に大きな費用は発生しませんが、法務局の窓口まで行く際の交通費や、郵送する際の封筒や切手代、書留料金などは加算されます。

これらの勘定科目は「旅費交通費」や「消耗品費」、「通信費」などそれぞれ違うので注意しましょう。

登録免許税はどこに納付するのか

登録免許税は、「税」と付くことから税務署や市役所に納めるのではないかと勘違いされることもありますが、正しくは法務局に納付する税金です。

法務局の窓口で申請書に収入印紙を貼り付けるか、登記ねっとを利用して電子納付します。登記申請と同時に納付が完了していない場合、申請自体が受理されないので注意しましょう。

この記事のまとめ

法人の登記変更には、登録免許税や司法書士への手数料などの費用がかかります。
どちらも１件につき３万円ほどになるので、トータルでは５万円以上の費用を見込んでおきましょう。

いくつかの登記事項を変更する場合は、分類が同じ登記事項をまとめて申請することで、登録免許税を節約できます。

役員の重任や代表者の住所変更などの変更登記の手続きは、比較的シンプルです。
これらを個人で行えば、司法書士への支払いを削減できるでしょう。

ただし、登記の内容は金融機関や取引先からも詳しくチェックされる、会社にとって最も重要な事項の一つです。

確実に、かつ将来的に不利益とならない登記変更を行いたい場合は、専門家である司法書士などに相談したうえで行うべきでしょう。

登記変更の費用について悩んだら司法書士や税理士に相談しよう

登記変更は会社の運営上、何度か行うことになる手続きです。
しかし、その準備や必要書類の把握については、慣れていないと難しい点も多く、すべて個人で行うには時間も手間もかかります。

より確実かつ迅速に登記変更を行うのであれば、司法書士などの専門家に依頼することをおすすめします。

ベンチャーサポート税理士法人では、会社設立・運営に関する無料相談を実施しています。
税理士だけでなく行政書士や司法書士、社労士も在籍しているためワンストップで相談が可能です。

レスポンスの速さにも定評があるため、初めての方もお気軽にご相談ください。

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