合同会社から株式会社への組織変更のタイミングとは？メリットや注意点を解説

会社を設立する際に、形態として合同会社を選択したとしても、あとから株式会社に変更することもできます。

株式会社には合同会社よりも資金調達や知名度の面でメリットがありますが、実際にどのようなタイミングで組織変更を行うべきなのでしょうか。

この記事では合同会社から株式会社へ組織変更を行うタイミングや、手続きの流れについて解説します。

すでに合同会社を経営している人や、会社設立でどの形態の会社を選ぶべきか迷っている人はぜひ参考にしてください。

個人事業と法人の違い、会社設立の流れ、必要書類、費用など会社設立の全体像をわかりやすく解説！

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合同会社と株式会社の違い

合同会社と株式会社の大きな違いは、会社の所有と経営が分離しているかどうかです。
合同会社は出資者が「社員」として経営にも関わることが前提ですが、株式会社は出資者は「株主」となり、経営に直接的に関わりません。

また、合同会社は会社設立時に定款を認証する必要がないため、株式会社よりも手間とコストを抑えられます。
主な合同会社と株式会社の違いを、以下の表にまとめました。

株式会社と合同会社の違いについては、以下の記事でより詳しく解説しています。

合同会社から株式会社に変更するメリットとタイミングとは

合同会社から株式会社には、事業者の都合で切り替えられます。では具体的に、組織変更にはどのようなメリットがあり、どのタイミングで行うべきなのでしょうか。

合同会社にはない株式会社のメリットを、組織変更のタイミングをふまえて解説します。

外部からの資金調達を受けたいとき

合同会社は運営の柔軟性が高いものの、出資を行えるのは社員だけで、外部の投資家から資金を集められないというデメリットがあります。

株式会社であれば、株式を発行することで外部からも出資を受けられるため、合同会社よりも資金調達の幅が広いです。
大規模なプロジェクトを行いたい場合や、事業を拡大させていくときには、株式会社へ組織変更するメリットはとても大きいでしょう。

知名度を上げたい・採用を強化したいとき

合同会社は年々設立数が増え、以前よりは知名度も上がっています。 現在は、合同会社だからという理由で融資審査などで不利になることはありません。

しかし、一般には「会社＝株式会社」という印象がまだまだ強く、合同会社とは何なのかについて知らない人も多いです。

商品やサービスを購入するときや、就職や転職サイトを利用したときに、会社名が合同会社だと「よくわからない形態の会社」としてマイナスに見られてしまうこともあります。

また、取引先の担当が合同会社について詳しくない場合、そのたびに合同会社について説明しなくてはいけません。
こうした知名度の問題から、合同会社から株式会社に変更する人も多くいます。

合同会社は「安く設立できる」というのが大きなメリットの１つであり、会社を設立した経験のある人にとっては共通認識にもなっています。
それだけに、同じ起業家の集まりに参加して、合同会社を経営していると話すのが何となく気後れする…といった理由から株式会社に変更する方もいます。

合同会社から株式会社に変更するデメリットとは

資金調達のしやすさや対外的信用の向上など、合同会社から株式会社への変更には多くのメリットがあります。

しかし、株式会社にすることによって、それまでの合同会社では行わなくてよかった手続きとそれに関連する業務が必要になるといったデメリットも存在します。

定期的に役員変更登記を行わなくてはいけなくなる

合同会社は、会社の経営に関わる「社員」に任期がありません。
しかし、株式会社は取締役などの「役員」に通常２年の任期があります。

任期が満了した役員は退任や重任することになりますが、その際には法務局で役員変更登記を行わなくてはいけません。

役員変更登記には、株主総会での決議や議事録の作成などが必要です。また、登録免許税として１万円（資本金が１億円を超える場合は３万円）を納付しなければいけません。

すべての株式に譲渡制限がある非公開会社であれば、役員の任期を10年まで伸ばすこともできます。
しかしいずれにせよ、定期的な役員変更登記は必須です。

参考：会社法 第三百三十二条｜e-Gov 法令検索

決算公告の義務が生じる

株式会社は、決算の内容を公に公開する「決算公告」を行わなければならないと定められています。
株主や債権者などに対して経営や財務状況を明らかにし、取引の安全性を保つためです。

参考：会社法 第四百四十条｜e-Gov 法令検索

決算公告は官報や日刊新聞、あるいは自社のWebサイトに掲載することもできますが、いずれも一定のコストがかかります。

決算公告を怠ると、会社法によって100万円以下の過料が課される可能性があるので、注意しましょう。

参考：会社法 第九百七十六条｜e-Gov 法令検索

合同会社から株式会社に変更するときの注意点

合同会社から株式会社への変更には、あらかじめ把握しておくべき注意点も数多くあります。
具体的な注意点について解説します。

事業年度や消費税の課税期間は持ち越される

合同会社から株式会社へ組織変更しても、法人格は同じままです。
そのため、事業年度は新たに設定されず、変更前の合同会社のころの事業年度をそのまま引き継ぎます。

消費税の課税期間も継続されるため、消費税の課税事業者であれば、変更後もそのまま課税事業者として扱われます。

免税事業者の場合も、免税期間はリセットされません。

変更後に新たな免税期間が始まるわけではないので注意しましょう。

法人番号やインボイス番号も変わらない

組織変更は会社の形態を変えるだけなので、法人としての同一性は維持されます。
そのため、国税庁が付与した法人番号や、適格請求書発行事業者（インボイス）番号もそのまま使用できます。

ただし、商号や本店所在地、代表者の変更がある場合は、所轄税務署への異動届出書とインボイス登録事項（商号・本店など）の変更届出書を忘れずに提出してください。

法人印は新しく作成して「改印届書」を出すのが一般的

会社形態が変わると、代表者印・銀行印・角印など、会社の印章に刻まれた名称も変更が必要です。
特に法務局に届け出ている代表者印は、印鑑の変更にともなって「改印届書」を法務局へ提出しなければいけません。

銀行や取引先にも印鑑変更の届出が必要になります。印影変更には本人確認や書類審査がともなうため、効力発生日から実務に支障が出ないタイミングで調整すると安心です。
古い印鑑は誤使用防止のため廃棄または保管管理を徹底しましょう。

代表者印は通常、印面に役職名を彫るので、組織変更時は合同会社の「代表社員之印」などから株式会社の「代表取締役印」に変更しなければいけません。
銀行印や角印は役職名がないので、印面の変更は基本的に合同会社から株式会社への修正だけで大丈夫です。

定款は認証を受けなくていい

合同会社と株式会社の大きな違いの１つに、合同会社は定款の認証がいらないという点があります。

株式会社を新設する場合は公証役場での認証が必須ですが、合同会社から株式会社への組織変更では、定款認証は免除されます。

もっとも、組織変更後は株式会社の規定に合わせて定款を大幅に書き換える必要があります。
商号、目的、発行可能株式総数、株式の譲渡制限、機関設計など多くの条項が変わるため、作成時には認証が不要とはいえ軽視しないようにしましょう。
将来の増資や機関変更にも対応できる設計となっているかの確認も重要です。

合同会社から株式会社に変更するときの流れ

実際に組織変更を行う場合、どのような手続きを取るのかについて解説します。

なお、合同会社から株式会社への組織変更は、手続き開始から1.5～２カ月ほどかかります。
後述する債権者保護手続きに最短でも１カ月必要なので、スケジュールを立てるときはできるだけ時間に余裕を持っておきましょう。

１.組織変更計画書を作成する

合同会社から株式会社に変更する際には、まず変更後の会社がどのような組織となるのかをまとめた「組織変更計画書」を作成しなくてはいけません。

組織変更計画書の内容は、主に以下のとおりです。

組織変更計画書を作成したあとは、内容について社員全員の同意を得る必要があります。

２.債権者保護手続きを行う

合同会社から株式会社への変更は、会社の債権者の利害にも影響を及ぼします。
そのため、事前に官報公告および個別に債権者に対して催告する「債権者保護手続き」を行わなければいけません。

参考：会社法 第七百七十九条｜e-Gov 法令検索

債権者保護手続きは、会社の公告方法を日刊新聞や電子公告で行うと定めている会社であったとしても、必ず官報によって公告します。

また、官報公告は債権者が見逃す可能性が高いため、債権者だとわかっている人物に対しては個別で催告を行います。
この個別催告は、最短でも１カ月は債権者が異議申し立てできる期間を設けなければいけません。

少しややこしいのですが、債権者保護手続きは「もともと公告を日刊新聞や電子公告で行うと決めていた」場合は、その方法で公告することで個別催告を省略できます。
通常は「官報公告」＋「個別催告」ですが、「官報公告」＋「日刊新聞や電子による公告」で問題ないパターンもあるということですね。

１カ月以上の異議申し立て期間が経過し、その間に債権者からの申し立てがなかった場合、債権者が組織変更に承認したとみなされます。
その後、組織変更計画書に記載された「効力発生日」になった時点で、その合同会社は株式会社へと変更されます。

３.登記申請を行う

効力発生日から２週間以内に、法務局にて「株式会社への組織変更登記」「合同会社の解散登記」を同時に行わなくてはいけません。

合同会社の組織変更による株式会社の設立登記申請書および解散登記申請書は、法務局のサイトで雛形が公開されています。

参考：持分会社（株式会社への組織変更）｜法務局（PDF）

書類の題名には「合名会社」と書かれていますが、これは合同会社と同じ持分会社の一形態です。
「合名会社」を「合同会社」に直せば、そのまま提出が可能です。

株式会社への組織変更登記は、添付書類を何枚も用意しなくてはいけません。主な添付書類は以下のとおりです。

設立にあたり、取締役会や会計参与を設置しない場合は、それらに関する就任承諾書などの書類は不要です。

「登録免許税法施行規則第12条第４項の規定に関する証明書」とは、以下の２つが確認できるものを指します。

解散登記申請書は、上記PDFの18ページ以降に雛形があります。

合同会社の解散登記申請書は、「合同会社（解散及び清算人就任）」という名前の雛形も、法務局のサイトで公開されています。

参考：合同会社（解散及び清算人就任）｜法務局

しかし、これは合同会社の解散と清算（会社を消滅させるために資産や負債を整理し、残った財産を分配する手続き）を行うときに使用する雛形です。
組織変更による解散では、清算はしないため、この雛形も使用しません。

合同会社から株式会社に変更する費用

組織変更にかかる費用は、主に以下の３種類があります。

これら以外にも、登記事項証明書や印鑑証明の取得などで数千円ほどの費用がかかります。
それぞれの費用について、詳しく解説します。

登録免許税

合同会社から株式会社へ組織変更する際には、合同会社の解散登記と株式会社の設立登記の２件を申請し、それぞれ登録免許税を納付します。

合同会社の解散登記にかかる登録免許税は、一律で３万円です。

一方、組織変更による株式会社の設立登記の登録免許税は、通常と計算方法が異なります。

組織変更にともない、合同会社の時点から資本金が増額していない場合は、その資本金額の0.15％が登録免許税です。
しかし資本金が増額している場合は、合同会社時点の資本金額の0.15％に、増額した額の0.7％を加算した額が登録免許税になります。
この合計額が３万円に満たない場合は、一律で３万円を登録免許税として納付します。

参考：No.7191 登録免許税の税額表｜国税庁

官報公告の掲載料

官報公告の掲載料は、掲載する内容の行数や枠数によって異なります。

債権者保護手続きでの官報公告には、およそ15行ほどが必要です。この場合の掲載料は５万9,218円です。
掲載内容によって掲載料は変動しますが、およそ６万円ほどが官報公告費用の目安になります。

参考：官報公告掲載料金｜全国官報販売協同組合

専門家に依頼した場合の報酬

会社の組織変更は、必要な手続きや書類が多く、すべて個人で行うのは難しいでしょう。
司法書士などの専門家に組織変更を依頼した場合、書類の作成やチェック、登記申請、官報手配などを代行してくれます。

報酬額の相場はおよそ10万円前後です。

合同会社から株式会社に変更するときによくある質問

合同会社から株式会社に組織変更する際に、多くの人が疑問に思う点やよくある質問について解説します。

組織変更時に何らかの税金は発生するのか

登記申請時に登録免許税は必要ですが、それ以外の税金は通常は発生しません。

株式の配当金やそのほかの出資分配金に関しても、それが配当・分配である限りは不課税扱いとなり、消費税は発生しません。

ただし、合同会社の持分を払戻しする場合、その交付額のうちで資本金などの額を超える部分については「みなし配当」として扱われ、配当に応じて５～45％の累進課税が適用されます。

株式会社に変更した際に合同会社のころの決算は行わなくていいのか

期中での決算が必要になるのは、あくまで事業年度が変更された場合です。

会社の組織変更をしても、事業年度は原則として維持されるため、決算のスケジュールなども変化しません。
組織変更後、事業年度が終了した時点までの決算を通常どおり行い、法人税などの納付を行いましょう。

参考：第2節　事業年度｜国税庁

欠損金は引き継げるのか

会社の欠損金に関しても、組織変更をしたとしても法人格は維持されるため、そのまま引き継がれます。
青色申告をしているなら、繰越期間の10年についても持ち越されます。

持分から株式への割当てはどのように決めればいいのか

持分から株式への割当ては、組織変更計画書の作成時点で決める必要があります。

法律上では、株式への割当ては出資比率どおりにしなくてもよいとされています。なので、もともと定めていた利益配分基準にのっとるなど、会社それぞれの方針に沿った割当てが可能です。

しかし、極端に出資比率とかけ離れた割当てをすると、みなし贈与として贈与税が発生する可能性があります。
また、組織変更計画書には総社員の同意も必要なので、不平等な割当てをしてしまうと同意が得られずに組織変更業務が滞ってしまうおそれもあります。

合理的な根拠のない割当てはリスクも大きいため、原則としては出資比率どおりの割当てを行うべきでしょう。

最初から株式会社にするより組織変更したほうが低コストなのか

単純な費用だけを見ると、最初から株式会社を設立するよりも、まずは合同会社を設立してから株式会社に組織変更したほうが、わずかに安く株式会社を設立できます。

株式会社を設立する際にかかる費用は約24万円ですが、合同会社の設立費用は約11万円です。
合同会社から株式会社に変更する際にかかる費用は、登録免許税が合計６万円、官報公告が約６万円です。
これらを合わせると、合同会社の設立から株式会社への変更にかかる総額は約23万円となり、約１万円だけ安く設立できることになります。

もっとも、これは組織変更の手続きを自分で行った場合の値段です。
司法書士などに依頼する場合は、報酬額でおよそ10万円がかかるため、最初から株式会社を設立したほうがずっと安いです。

また、組織変更に必要な書類の作成や提出、債権者保護手続きにかかる時間を考慮すれば、約１万円のために複雑な手順を踏む必要性は薄いと言えるでしょう。

この記事のまとめ

合同会社から株式会社への変更は、知名度の向上や資金調達の選択肢が増えるといったメリットがありますが、役員変更登記や決算公告などの手続きが増えるというデメリットもあります。

一方で法人格は維持されるため、事業年度や消費税の課税期間などはそのまま維持されます。
組織変更を行う際には、これらの仕様を理解したうえで、組織変更計画書を作成し、債権者保護手続きを実施しましょう。

登記申請では株式会社の設立登記だけでなく、合同会社の解散登記も行わなければいけません。
それぞれに登録免許税が発生し、官報の掲載料と合わせると最低でも約12万円が必要になります。

合同会社から株式会社に変更するときは税理士や司法書士に相談しよう

合同会社から株式会社への変更は、債権者保護手続きや持分から株式への割当てなど、注意するべきプロセスが多い業務です。
登記申請に関しても、組織変更による株式会社の設立登記では10枚前後の添付書類が必要になります。

これらの手続きを滞りなく行いたい場合は、登記の専門家である司法書士に相談しましょう。
また、株式会社への変更は、将来的な資金調達や税負担を見据えて行うケースが多いため、あらかじめ税理士と相談しておくことで後々の見通しも立ちやすくなります。

より確実な組織変更を行いたい場合は、複数の士業が集まった「士業グループ」への相談をおすすめします。
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