売上割戻しの基準があいまいだと・・?

当社は今回はじめて大口取引先のA社から、売上割戻しを求められました。よって当社の期末利益の状況から判断してA社に対する割戻しをすることとしました。
8月31日に第5期が終了し、9月になって利益額が決定しましたので、その金額から判断した売上割戻し金額を、第5期に未払金として損金に算入いたしました。この処理に何か税務上問題がありますか?

期末までに売上割戻金額が確定していないので、損金算入は出来ません。

売上割戻しの基準があいまいな場合、割戻し額の支払義務の発生はその額を相手方に通知した日もしくは実際に払った日となります。
ただし、次の条件を満たす場合には継続適用を条件に売上割戻しの損金算入が認められます。

(1) 売上割戻し金額の算定基準が社内的に決定されている
(2) 決算において損金経理している
(3) 確定申告書の提出期限までに相手に通知している

ご質問の場合には、期末までに売上割戻しを行うことは決定していますが、利益額に応じて支払うという算定基準はあいまいであることから、第5期に損金算入することはできません。
売上金額に応じて割戻しをするというような、相手方からも算定できるような明確な算定基準を設けることが必要です。